שיטות העברת החום במייבשי הקפאה כוללות בעיקר חימום הולכת חום מוצק, קרינה וחימום מיקרוגל וחימום הסעה.
1. חימום הולכת חום מוצק
החומר ממוקם על מגש החומר, מגש החומר נמצא במגע ישיר עם מדף החימום, והחום עובר דרך מגש החומר והשכבה הקפואה של החומר כדי להגיע לממשק הסובלימציה. בציוד לייבוש הקפאה עם חימום הולכה של מגע, לא רק לצלחת החימום והמגש יש מוליכות תרמית טובה, אלא גם למגע בין לוחית החימום, המגש והחומר טוב, כך שניתן יהיה לשפר את אפקט העברת החום וניתן לחלק את החום באופן שווה. ו
2. קרינה ומיקרוגל חימום
קרינה היא אובייקט המעביר אנרגיה דרך גלים אלקטרומגנטיים, שיכולים להתבצע בוואקום. החומר מושעה בין המדפים העליונים והתחתונים ללא קשר ישיר עם המדפים; החום מקרין אל פני החומר דרך המדפים העליונים והתחתונים, ואז מגיע למשטח הסובלימציה דרך הולכת החום של שכבת הייבוש.
בציוד ייבוש הקפאת חימום קורן, החומר, המכולה (מגש) והמדף אינם נדרשים להיות בקשר הדוק, מה שמאפשר את מימוש הרכב כולו בחדר הייבוש ומחוצה לו. כעת בשיטת חימום זו נמצאת בשימוש נרחב בציוד לייבוש הקפאה בקנה מידה גדול.
חימום מיקרוגל שייך גם לחימום גל אלקטרומגנטי. אך בניגוד לחימום קורן, חימום מיקרוגל משתמש בחומר עצמו כאלמנט חימום. אין צורך להעביר חום מבחוץ מבפנים, כך שמרכז החומר מתחמם במהירות. מכיוון שחימום מיקרוגל בעצם אינו מושפע משכבת הייבוש, החום יכול להגיע ישירות למשטח הסובלימציה של החומר, כך שההבדל בטמפרטורה בין פני החומר לממשק הסובלימציה הוא קטן מאוד, וניתן לשמור על שכבת הקפאה למטה וקרובה לטמפרטורה המרבית המותירה על ידי החומר.
3. חימום הסעה
מכיוון שמייבש ההקפאה מבוצע בתנאים הקרובים לוואקום. לפיכך, ההשפעה של העברת חום משכנעת היא קטנה מאוד, אך בשנים האחרונות משתמשים לרוב בשיטת הלחץ המחזורי כדי להשיג העברת חום משכנעת מאולצת כדי להאיץ את תהליך הייבוש הראשוני. שיטת הלחץ המחזורי כביכול היא לשלוט בלחץ של מערכת הוואקום להשתנות למעלה ולמטה בטווח מסוים כדי לשפר את ההשפעה של החום והעברת המסה.